Z punktu widzenia pacjenta, leczenie pod mikroskopem nie odbiega wiele od typowego leczenia kanałowego. Po zabezpieczeniu pacjenta koferdamem (płat gumy izolujący ząb z jamy ustnej), lekarz otwiera ząb aby mieć dostęp do kanałów. Mikroskop umieszczony na specjalnym wysięgniku znajduje się tuż nad głową pacjenta i umożliwia wgląd do wnętrza zęba. Powiększenia do 25 razy gwarantują uzyskanie maksymalnej precyzji i znacznie zwiększają skuteczność zabiegu.

Mikroskop został zaadoptowany i zastosowany w stomatologii stosunkowo niedawno. Przewaga mikroskopu wynika z powiększenia i oświetlenia pola zabiegowego. Pomaga on w identyfikacji wcześniej niewykrywalnych struktur, umożliwia wizualizację kanałów korzeniowych, dostrzeganie przewężeń, obliteracji i perforacji. Przydatność mikroskopu w stomatologii najlepiej ilustruje motto Profesora Kim’a z Pensylwanii – pioniera leczenia mikroskopowego, które brzmi "Można leczyć tylko to co widać".